Juan Nepomuceno Camarena y Zepeda
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Vigésimo rector - 10 de Noviembre de 1859- 2 de Diciembre de 1860
Nació en Arandas en 1815; cursó sus estudios en el Seminario Conciliar de Señor San José, en el Instituto de Ciencias y en la Universidad de Guadalajara, y en 1840 recibió el grado de doctor en Cánones; fue catedrático de Derecho civil y romano y canónigo de la catedral; falleció en 1878.
Durante su gestión el Claustro protestó en contra de la celebración del Tratado McLane-Ocampo, que hacía concesiones a Estados Unidos en el uso de vías por el territorio nacional; y se aprobaron nuevos planes de estudio para todas las facultades.
Con el triunfo de los liberales el 2 de diciembre de 1860, el gobernador del estado de Jalisco, Pedro Ogazón y Rubio, decretó la tercera clausura de la Universidad y el restablecimiento de la Junta Directiva de Estudios, el Instituto de Ciencias y el Liceo de Varones.