José María Nieto del Portillo
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Decimoctavo Rector - 10 de Noviembre de 1851 - 15 de Septiembre de 1855
Nació en el Mineral de Pinos, Zacatecas en 1791; estudió en el Colegio de San Juan Bautista, en el Seminario Conciliar de Señor San José y en la Real Universidad de Guadalajara, recibiendo en 1849 la licenciatura en Teología; fue canónigo de la catedral y miembro de la Asamblea de Notables. Al triunfo de los liberales fue desterrado de Jalisco; falleció en 1871.
Con el triunfo del Plan del Hospicio, el gobernador del Estado, José María Yáñez, el 28 de febrero de 1853 decretó la refundación del Instituto de Ciencias en la Universidad, la cual recuperó sus fondos económicos y su edificio.
Al triunfar el Plan de Ayutla, el 15 de septiembre de 1855, el gobernador del Departamento de Jalisco, Santos Degollado Sánchez, clausuró por segunda ocasión la Universidad y restableció el Instituto de Ciencias, poniendo en vigor el Plan General de Enseñanza de 1847.
De 1855 a 1859 la enseñanza media y la superior fueron dirigidas por la Junta Directiva de Estudios, al frente de la cual estuvieron personalidades como el canónigo Juan José Caserta y Cañedo, el abogado Miguel Contreras Medellín, el profesor Lázaro Pérez y el abogado Jesús López Portillo y Serrano.
En los embates de la Guerra de Reforma, el 2 de febrero de 1859 el gobernador y comandante general del Departamento de Jalisco, Leonardo Márquez Araujo, restauró por segunda vez la Universidad de Guadalajara.