Durante tres décadas de servicio ininterrumpido, la actividad del Mtro. Ernesto Flores ha fructificado en la formación de numerosos literatos, lo mismo que en la publicación y difusión de su pensamiento en diversas publicaciones.
Fue editor de varias revistas: Coatl, Esfera, Universidad, Tectos, La muerte, y autor de tres poemarios, trabajo en la compilación de cuentos jaliscienses. Destaca también su labor en la Casa de la Cultura Jalisciense, donde organizó conferencias, exposiciones y conciertos.
Su actividad como literato le trajo reconocimiento nacional e internacional, merecedor de varios premios entre los que destacan: el premio González León, el Premio Jalisco y el nombramiento como miembro correspondiente de la Real Academia de la Lengua.